미케나 마을에 도착한 지우와 피카츄.  

갑자기 등장한 디아루가와 펄기아, 기라티나의 싸움으로
수천 년 전, 인간에게 배신당해 잠들었던 아르세우스가
분노와 함께 깨어난다! 

복수를 위해 아르세우스는 미케나 마을을 공격하고,
신전의 수호자 시나는 이를 막아보려 하지만
그의 강대한 분노 앞에 마을은 돌이킬 수 없는 위험에 빠진다. 

“초극하라! 시공의 운명이여!”
지우와 피카츄 일행은 미래를 구하기 위해 시공간을 초월한
모험을 떠나고, 그 곳에서 엄청난 비밀을 마주하는데…